Ce suivi est composé d'une station d'observation terrestre situé à Cap N'Doua. La zone d'étude accessible depuis cette station s'étend à 10 miles nautiques des côtes (passe de la Havannah, ilot Mato, Récif Gué, Ile Ouen, baie du Prony). La zone d'étude maritime s'étend jusqu'à l’ilot N'Do, le récif Maria et la passe de la Sarcelle.
Pour le repérage des baleines, la zone d'observation est divisée en 3 secteurs, chacun scanné à l’œil nu et aux jumelles. Ce protocole consiste à effectuer des relevés d'une durée maximale de 20 minutes, combiné à 5 séquences d'apnée. D'autres paramètres sont également relevés pour compléter le suivi (nombre de bateaux, type de bateaux, navires commerciaux, conditions météo...)