Le GOPS a plusieurs missions :
- mettre en place, coordonner et assurer la cohérence des systèmes et réseaux locaux d'observation, des plates-formes et des stations marines de la région afin de structurer, harmoniser, spatialiser et modéliser les observations pour la recherche en environnement ;
- soutenir l'activité des équipes de recherche autour de programmes communs, de réponses conjointes à des appels d'offres, de recrutements et d'acquisitions coordonnées d'équipements ;
- faire des propositions aux autorités compétentes pour la programmation scientifique de la recherche publique ;
- promouvoir toute action de partenariat entre les acteurs publics et privés ;
- participer à la mise en place de Masters en particulier dans le Pacifique Sud en soutenant notamment l'action en ce sens de l'Université de la Nouvelle-Calédonie et de l'Université de Polynésie française ;
- assurer une fonction de conseil auprès des pouvoirs publics pour la surveillance et la veille environnementales, la conservation et la restauration des sites et la valorisation du patrimoine naturel ;
- s'ouvrir à la coopération régionale et internationale avec les autres universités et les autres institutions de recherche de la région.