Issue de la fusion entre le Cnasea et l'AUP (Agence Unique de Paiement), l'ASP est un établissement public administratif placé sous la double tutelle du ministère de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Pêche et du ministère de l'Économie, de l'Industrie et de l'Emploi.
L'agence est administrée par un conseil d'administration où siègent des représentants de l'État, des représentants d'établissements publics ainsi que des organisations professionnelles désignés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'emploi.