Depuis sa création par le gouvernement français en 1994, le FFEM a pour mission de favoriser la protection de l'environnement mondial dans les pays en développement (aides financières).
Les axes d'intervention du FFEM sont les suivants :
- conservation de la biodiversité ;
- lutte contre l'effet de serre ;
- gestion des eaux internationales ;
- actions contre la dégradation des terres (notamment la désertification) ;
- lutte contre les polluants organiques persistants.