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L'Université Jean Monnet est une des vingt premières universités françaises accédant à l'autonomie dès le premier janvier 2009. Au sein de la Région Rhône-Alpes, c'est l'université qui offre le plus large éventail de formations.
En 2008, elle a adhéré au Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur (PRES) "Université de Lyon". Elle est également membre de la Conférence Universitaire Rhône-Alpes.